W akwarium cieplejsza woda jest lżejsza i zajmuje górną jego część - w dolnej części jest ona z reguły nieco chłodniejsza. To zróżnicowanie temperatury nie jest szkodliwe dla roślin i ryb - tylko nieliczne rośliny wymagają odpowiednio ciepłego podłoża, ale są to gatunki rzadko uprawiane w akwariach. Filtr, przewietrzacz lub grzałka denna, które wywołują cyrkulację wody prowadzą zwykle do większego ujednolicenia temperatury w akwarium. Pomiaru temperatury w akwarium dokonujemy zawsze w połowie wysokości słupa wody - na tej wysokości powinien znajdować się zbiorniczek termometru.

Woda posiada dużą pojemność cieplną. Oznacza to, że powoli się nagrzewa, ale też powoli ochładza. Właściwość ta powoduje, że w zbiornikach naturalnych wielkie zmiany temperatury wody zachodzą znacznie wolniej niż zmiany temperatury powietrza. Organizmy wodne, w przeciwieństwie do lądowych, nie są więc przystosowane do gwałtownych zmian temperatury i musimy o tym pamiętać przy wszelkich pracach związanych z wymianą wody w akwarium, regulacją ogrzewania i przenoszenia roślin i ryb.